Program Studi Magister Kesehatan Masyarakat Fakultas Kedokteran Universitas Syiah Kuala (selanjutnya disingkat menjadi MKM FK Unsyiah) didirikan pada tahun 2017 berdasarkan surat keputusan Kementrian Riset dan Teknologi dan pendidikan Tinggi Nomor 516/KPT/I/2017 sebagai tanggapan terhadap kebutuhan akan tenaga Magister Kesehatan Masyarakat di Provinsi Aceh. Saat ini MKM FK Unsyiah telah menjadi salah satu pilihan bagi calon mahasiswa baik dari dalam maupun luar Provinsi Aceh. Program studi MKM FK unsyiah memiliki 4 peminatan (kosentrasi) yaitu 1 Administrasi Rumah Sakit (ARS), 2 Promosi Kesehatan dan Ilmu Perilaku (PKIP), 3 Administrasi dan Kebijakan Kesehatan (AKK). dan 4 Epidemiologi (EPID). Pemerimaan mahasiswa angkatan pertama dilakukan pada tahun 2018 dengan jumlah mahasiswa yang di terima 31 orang.
Saat ini, selain telah memiliki ruang kelas MKM FK Unsyiah juga telah memiliki beberapa unit pendukung yaitu: Unit Ruang Baca, Unit Pengendali Mutu Akademik, dan Unit Pengelola Tesis.